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手机刷机后，手机短信的保留与安全情况主要取决于刷机前的备份情况。
如果刷机之前没有进行备份，那么手机短信很可能就会丢失，但如果提前进行了备份，那么即使刷机，短信也能恢复并保存下来，如果使用了云存储服务同步手机数据，即使在刷机后，也可以从云端恢复数据。
至于安全性方面，刷机本身并不会带来手机数据的安全问题，如果在刷机过程中使用了非官方或者来源不明的刷机包，可能会存在安全风险，例如包含恶意软件或者病毒，为了安全起见，建议从官方渠道下载刷机包，并使用官方推荐的刷机教程进行操作，如果担心隐私泄露，可以在刷机前删除或加密敏感信息。
手机刷机后的短信保留与安全性取决于是否备份和刷机的操作方式，为了最大程度上避免数据丢失和保证安全，建议谨慎操作并考虑进行数据备份，如有更多疑问可以咨询专业人员。